Taim-patogeen interaktsioonid ja taimegeneetika

Nimetus
Plant-pathogen interactions and plant genetics
Head of the research group
Research classification (Frascati)
Põllumajandus, metsandus ja kalandus 4.1
Agriculture, forestry and fisheries 4.1
Overview
Uuritakse taim-patogeen interaktsioonide geneetilisi, molekulaarseid ning rakubioloogilisi aspekte. Selleks kasutatakse peremeestaimedena eelkõige erinevaid kõrrelisi, samuti ka mudeltaimi müürlooka ja tubakaid. Identifitseeritakse ja iseloomustatakse kõrrelisi kultuurtaimi nakatavaid viiruseid Eestis ning naabermaades, kasutades uue põlvkonna sekveneerimismeetodeid. Uuritakse sobemoviiruste liike. Taimede molekulaarbioloogias uuritakse multifunktsionaalseid ABCE geene.Osaletakse EEA projektis „EditGrass4Food“, mille eesmärk on tõsta põllumajanduse jätkusuutlikkust karjamaa raiheina külma- ja põuataluvuse parendamisega transkriptoomika ja funktsionaalse genoomika abil. Projekti viiakse ellu koostöös Läti, Norra ja Leedu teadlastega.Eesti-prantsuse programmi Parrot raames on rühm kaasatud projekti „Teraviljaviiruste teke ja lahknemine: Sobemoviirused kui näidisjuhtum“ koostöös Montpellier Arengu-uuringute instituudiga. Koordineeritakse EUPHRESCO ERA-Net projekti "Teravilja nakatavate viiruste diagnoosimine ja epidemioloogia", et luua rahvusvaheline võrgustik teadlastest, kes on huvitatud viiruste leviku kaardistamisest ja diagnostikameetodite parendamisest. Projektiga on liitunud 24 partnerit erinevatest riikidest.
We study genetic, molecular and cellular aspectsof plant-microbe interactions. We use predominantly different cereals as well as the modelplant Arabidopsis thaliana and various tobaccospecies as experimental host plant species. Weidentify and characterize, using next-generationsequencing techniques, viruses infecting cerealcrops in Estonia and neighbouring countries. Westudy especially sobemoviruses. In plant molecular biology, our object of research is ABCE genes.In 2021 we started the EEA project “EditGrass4Food” that aims to utilize transcriptomics andfunctional genomics to increase sustainabilityin agriculture through improvement of perennial ryegrass with better adaptation to frostand drought for current and future climates.The project is developed in cooperation with the University of Latvia (as promoter), NorwegianUniversity of Life Sciences and Lithuanian Agriculture and Forestry Sciences Center.Thanks to the Estonian-French Parrot programme, we are studying the emergence anddivergence of plant viruses on cereals, basedon sobemoviruses, together with the Institut deRecherche pour le Développement (Montpellier).We started coordinating the EUPHRESCOproject entitled “Diagnosis and epidemiology ofviruses infecting cereal crops” to create an international research network of scientists interested in mapping the virus spread and improvement of the diagnostics. Currently, there are 19international partners from different countries.
Keyword
põllumajanduslikud taimehaigused
agricultural crop diseases
taimeviirused
plant viruses
kliimamuutustega kohanemine
adaptation to climate change
RNA vaigistamise supressorid
RNA silencing suppressors
CRISPR/Cas9
nisu eelaretus
genotüpiseerimine
Important results
2023. aastal: (1) sekveneeriti ja iseloomustati neli ajaloolist CnMoV isolaati Saksamaalt; (2) optimeeriti raiheina protoplastide eraldamise protokoll ja saavutati genoomi tääpismuutmine CRISPR/Cas9 abil; (3) indutseeriti ja transformeeriti efektiivselt erinevate genotüüpide raiheina kalluseid; (4) esimest korda Eestis leiti keraheina laiguviirus nakatades nisu; (5) kasutades geneetilisi markereid iseloomustati suvinisu ja talinisu sordid nii varajasuse kui ka haiguskindluse suhtes.