Prototron Juniori partnerid on Swedbank, Harju Elekter, Startup Estonia, Comodule, Insplay ja Transferwise. Prototron on Swedbanki, TalTec-hi, Tallinna teaduspargi Tehnopol ja Tartu ülikooli rahastu, mis aitab luua tehnoloogiliste ideede prototüüpe, et maailma muutvad ideed ja tooted jõuaksid kiiremini turule.