В настоящий момент Кай Кукепуу получает в TalTech степень магистра в области инноваций и управления публичным сектором. Ранее Кукепуу окончила Эстонскую школу бизнеса (EBS) по специальности "предпринимательство и управление бизнесом", а также Таллиннскую высшую школу здравоохранения по специальности сестринское дело.