Bioinformaatika
TalTech prioriteetne teadussuund
Klassifikaator (Frascati)
Uurimisrühma juht
Uurimisrühma liige
Doktorant
Võtmesõna
Ülevaade
Uurimisrühm keskendub oma teadustöös mitmetasandilise andmestiku, näiteks genoomilise info, genoomilise variatsiooni, transkriptoomika, geeniregulatsiooni võrgustike ning erinevate sekveneerimisandmestike integreerimisele eesmärgiga lahendada kompleksseid bioloogilisiprobleeme. Peamine fookus on koondunud taimegenoomikale, mikroobide genoomikale ja nende kooslustele ning vähigenoomikale.Rühm on pädev analüüsima ja integreerima kõiki praegusi omika andmete modaalsusi ja asjakohast bioloogilist teavet. Rühm on võimeline läbi viima ka üksikrakuanalüüse ja loob praegu võimalusi teostada pika lugemisega sekveneerimist.2022. aastal sai uurimisrühm TeChBioT konsortsiumi osana ka märkimisväärse rahastuse (ca 360 000 EUR) Euroopa Kaitsefondist ning juhib konsortsiumis TalTechi meeskonda.TeChBioT konsortsiumi osana töötab rühm uudsete lahenduste pakkumisega bioloogiliste ja keemiliste ohtude tuvastamiseks, identsifiseerimiseks ja jälgimiseks. Koostöös TalTechi Microfluidicsuurimisrühmaga arendab rühm ka tööriistu, mis võimaldavad laiemale teadusringkonnale kasutada ja analüüsida dropplet-põhiseid mõõtmisandmeid.
Seotud projektid
Arvutusgenoomika ja andmete integreerimine bioteadustesse genoomi skaalal (TalTech arendusprogramm 2016-2022)
Seotud struktuuriüksus
Teadusgrupiga seotud publikatsioonid
- Almeida, B. L. B., Bahrudeen, M. N. M., Chauhan, V., Dash, S., Kandavalli, V., Häkkinen, A., Lloyd-Price, J., Cristina, P. S. D., Baptista, I. S. C., Smolander, O.-P. [et al] The transcription factor network of E. coli steers global responses to shifts in RNAP concentration // Nucleic acids research (2022) vol. 50, 12, p. 6801-6819.
https://doi.org/10.1093/nar/gkac540 - Smolander, O.-P., Blande, D., Ahola, V., Rastas, P., Tanskanen, J., Kammonen, J. I, Oostra, V., Pellegrini, L., Ikonen, S., Dallas, T. et al. Improved chromosome-level genome assembly of the Glanville fritillary butterfly (Melitaea cinxia) integrating Pacific Biosciences long reads and a high-density linkage map // GigaScience (2022) vol. 11, art. giab097.
https://doi.org/10.1093/gigascience/giab097 - Roos, K., Rooda, I., Keif, R.-S., Liivrand, M., Smolander, O.-P., Salumets, A., Velthut-Meikas, A. Single-cell RNA-seq analysis and cell-cluster deconvolution of the human preovulatory follicular fluid cells provide insights into the pathophysiology of ovarian hyporesponse // Frontiers in Endocrinology (2022) vol. 13, art. 945347.
https://doi.org/10.3389/fendo.2022.945347 - Sanka, I., Bartkova, S., Pata, P., Smolander, O.P., Scheler, O. Investigation of different free image analysis software for high-throughput droplet detection // ACS omega (2021) Vol. 6, 35, p. 22625-22634 : ill.
https://doi.org/10.1021/acsomega.1c02664 - Teppo, J., Vaikkinen, A., Stratoulias, V., Smolander, O.-P. et al. Molecular profile of the rat peri-infarct region four days after stroke : Study with MANF // Experimental neurology (2020) vol. 329, art. 113288, 19 p. : ill.
https://doi.org/10.1016/j.expneurol.2020.113288 - Alonso-Serra, J., Shi, X., Peaucelle, A., Smolander, O.-P. et al. ELIMÄKI Locus is required for vertical proprioceptive response in birch trees // Current biology : CB (2020) vol. 30, 4, p. 589-599.
https://doi.org/10.1016/j.cub.2019.12.016