Taim-patogeen interaktsioonid
TalTech prioriteetne teadussuund
Klassifikaator (Frascati)
Põllumajandus, metsandus ja kalandus 4.1
Uurimisrühma juht
Uurimisrühma liige
Võtmesõna
põllumajanduslikud taimehaigused
taimeviirused
kliimamuutustega kohanemine
RNA vaigistamise supressorid
CRISPR/Cas9
Ülevaade
Uuritakse taim-patogeen interaktsioonide geneetilisi, molekulaarseid ning rakubioloogilisi aspekte. Selleks kasutatakse peremeestaimedena eelkõige erinevaid kõrrelisi, samuti ka mudeltaimi müürlooka ja tubakaid. Identifitseeritakse ja iseloomustatakse kõrrelisi kultuurtaimi nakatavaid viiruseid Eestis ning naabermaades, kasutades uue põlvkonna sekveneerimismeetodeid. Uuritakse sobemoviiruste liike. Taimede molekulaarbioloogias uuritakse multifunktsionaalseid ABCE geene.Osaletakse EEA projektis „EditGrass4Food“, mille eesmärk on tõsta põllumajanduse jätkusuutlikkust karjamaa raiheina külma- ja põuataluvuse parendamisega transkriptoomika ja funktsionaalse genoomika abil. Projekti viiakse ellu koostöös Läti, Norra ja Leedu teadlastega.Eesti-prantsuse programmi Parrot raames on rühm kaasatud projekti „Teraviljaviiruste teke ja lahknemine: Sobemoviirused kui näidisjuhtum“ koostöös Montpellier Arengu-uuringute instituudiga. Koordineeritakse EUPHRESCO ERA-Net projekti "Teravilja nakatavate viiruste diagnoosimine ja epidemioloogia", et luua rahvusvaheline võrgustik teadlastest, kes on huvitatud viiruste leviku kaardistamisest ja diagnostikameetodite parendamisest. Projektiga on liitunud 24 partnerit erinevatest riikidest.2022. aastal hakati koordineerima EMP projekti „Uuenduslik platvorm Eesti-Norra bioinformaatika ja geenide täppismuutmise teaduspõhiseks õpetamiseks“, kus partneriks on Norra Loodusteaduste Ülikool.
Seotud projektid
Seotud struktuuriüksus
Teadusgrupiga seotud publikatsioonid
- Guarino, F., Cicatelli, A., Castiglione, S., Agius, D. R., Orhun, G. E., Fragkostefanakis, S., Leclercq, J., Dobranszki, J., Sõmera, M., Sarmiento, C., et al. An epigenetic alphabet of crop adaptation to climate change : review article // Frontiers in Genetics (2022) vol. 13, art. 818727.
https://doi.org/10.3389/fgene.2022.818727 - Sõmera, M., Massart, S., Tamisier, L., Sooväli, P., Sathees, K., Kvarnheden, A. A survey using high-throughput sequencing suggests that the diversity of cereal and barley yellow dwarf viruses is underestimated // Frontiers in microbiology (2021) Vol. 12, art. 673218.
https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.673218 - Sarmiento, C., Sõmera, M., Truve, E. Solemoviruses (Solemoviridae) // Encyclopedia of Virology, 4th edition. Oxford : Academic Press, 2021. p. 712-718.
https://www.elsevier.com/books/encyclopedia-of-virology/bamford/978-0-12-814515-9 - Sõmera, M., Fargette D., Hébrard, E., Sarmiento, C., ICTV Report Consortium ICTV Virus Taxonomy Profile : Solemoviridae 2021 // Journal of General Virology (2021) vol. 102, 12, art. 001707.
https://doi.org/10.1099/jgv.0.001707 - Sõmera, M., Kvarnheden, A., Desbiez, C., Gantsovski, M., Truve, E. et al. Sixty years after the first description : genome sequence and biological characterization of European wheat striate mosaic virus infecting cereal crops // Phytopathology (2020) vol. 110, 1, p. 68-79.
https://doi.org/10.1094/PHYTO-07-19-0258-FI - Sõmera, M., Massart, S., Tamisier, L., Sooväli, P., Sathees, K., Kvarnheden, A. Corrigendum: A survey using high-throughput sequencing suggests that the diversity of cereal and barley yellow dwarf viruses is underestimated (Front. Microbiol., (2021), 12, (673218), 10.3389/fmicb.2021.673218) // Frontiers in microbiology (2021) vol. 12, art. 772637, 2 p.
https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.772637 - Mõttus, J., Maiste, S., Eek, P., Truve, E., Sarmiento, C. Mutational analysis of Arabidopsis thaliana ABCE2 identifies important motifs for its RNA silencing suppressor function // Plant Biology (2021) vol. 23, Issue 1, p. 21-31 : ill.
https://doi.org/10.1111/plb.13193 - Linde, K. van der, Egger, R. L., Timofejeva, L., Walbot, V. Application of the pathogen Trojan horse approach in maize (Zea mays) // Plant signaling & behavior (2018) vol. 13, 12, art. e1547575, 4 p. : ill.
https://doi.org/10.1080/15592324.2018.1547575 - Sõmera, M., Truve, E., Sooväli, P. First report of wheat dwarf virus in winter wheat in Estonia // Plant disease (2019) vol. 103, 7, p. 1797.
https://doi.org/10.1094/PDIS-11-18-2059-PDN - Ojangu, E.-L., Ilau, B., Tanner, K., Talts, K., Ihoma, E., Dolja, V. V., Paves, H., Truve, E. Class XI myosins contribute to auxin response and senescence-induced cell death in Arabidopsis // Frontiers in plant science (2018) vol. 9, art. 1570, 21 p. : ill.
https://doi.org/10.3389/fpls.2018.01570 - Linde, K. van der, Timofejeva, L., Egger, R. L., Ilau, B. et al. Pathogen Trojan horse delivers bioactive host protein to alter maize anther cell behavior in situ // The Plant cell (2018) vol. 3, p. 528-542 : ill.
https://doi.org/10.1105/tpc.17.00238