Biomeditsiin
TalTech prioriteetne teadussuund
Klassifikaator (Frascati)
Uurimisrühma juht
Uurimisrühma liige
Võtmesõna
Helicobacter pylori
invadosoomid
maksakahjustused
aktiini tsütoskelett
mikrobioom
Ülevaade
Biomeditsiini labori põhiliseks uurimisobjektiks on inimese patogeen Helicobacter pylori (HP) ja tema roll erinevate maksahaiguste kujunemisel. Rühma uurimustöö püüab suurendada arusaamist bakterpõhjustatud vähkkasvajate tekkemehhanismidest.Teadustöö põhisuunad on:• Helicobacter pylori poolt indutseeritud invadosoomide roll maksakahjustustes. Oleme varasemalt näidanud, et HP kutsub nakatatud maksarakkudes esile invadosoomide tekke. Hetkel uurime, millised molekulaarsed mehhanismid on selle fenomeni taga, kasutades nii in vitro meetodeid kui transkriptoomi sekveneerimist.• Helicobacter pylori indutseeritud maksakahjustuste kliinilised aspektid. Kasutame oma töös HP-ga nakatatud katsehiirte maksasid ja uurime, millist mõju avaldab bakter maksale erineva ajaperioodi jooksul. Lisaks analüüsime selliste markerite ekspressioonitaseme muutust nagu YAP1 ja CD44.• Helicobacter pylori mõjutatud soolestiku mikrobioota roll maksahaiguste arengus. Kaasame uuringusse Eesti patsiendid, et kirjeldada siin ringlevaid HP tüvesid, nende mõju suu/mao/soole mikrobiootale ja maksale.• Probiootiliste piimhappebakterite mõju HP-le ja HP-indutseeritud põletikuvastusele.
Tähtsamad tulemused
2023. aastal on kirjeldatud Eestis levivaid H. pylori tüvesid, nende patogeensust ning antibiootikumi resistentsust. Olulise tulemusena on saadud 32 isolaadi täisgenoomi järjestus, mida on anaöüüsitud ning võrreldud teiste nii Euroopas kui mujal maailmas levivate H. pylori tüvedega. Lisaks on isoleeritud inimese mao biopsiatest kaks uudset L. salivariuse tüve, mis on potentsiaalselt probiootilise toimega. Antud tüvede täisgenoomid on sekveneeritud ning võrreldud teiste avaldatud L. salivariuse tüvedega.
Seotud projektid
Seotud struktuuriüksus
Keemia ja biotehnoloogia instituut
Teadusgrupiga seotud publikatsioonid
- Varon C., Azzi-Martin, L., Khalid, S., Spuul, P., et al. Helicobacters and cancer, not only gastric cancer? // Seminars in Cancer Biology (2022) vol. 86, part 2, p. 1138-1154.
https://doi.org/10.1016/j.semcancer.2021.08.007 - Duran, C., Ciucci, S., Palladini, A., Ijaz, U. Z., Zippo, A. G., Sterbini, F. P., Masucci, L., Cammarota, G., Ianiro, G., Spuul, P. et al. Nonlinear machine learning pattern recognition and bacteria-metabolite multilayer network analysis of perturbed gastric microbiome // Nature communications (2021) vol. 12, 1, art. 1926, 22 p.
https://doi.org/10.1038/s41467-021-22135-x - Alonso, F., Spuul, P., Genot, E. Podosomes in endothelial cell - microenvironment interactions // Current opinion in hematology (2020) vol. 27, 3, p. 197-205.
https://doi.org/10.1097/MOH.0000000000000575 - M.J. Ryan, M. Schloter, G. Berg, Sarand, I. et al. Development of microbiome biobanks – challenges and opportunities // Trends in microbiology (2021) vol. 29, 2, p. 89-92.
https://doi.org/10.1016/j.tim.2020.06.009 - Cernava, T., Rybakova, D., Buscot, F., Clavel, T., McHardy, A. C., Meyer, F., Meyer, F., Overmann, J., Stecher, B., Sarand, I. et al. Metadata harmonization-standards are the key for a better usage of omics data for integrative microbiome analysis // Environmental Microbiome (2022) vol. 17, art. 33.
https://doi.org/10.1186/s40793-022-00425-1 - Sirp, A., Roots, K., Nurm, K., Tuvikene, J., Sepp, M., Timmusk, T. Functional consequences of TCF4 missense substitutions associated with Pitt-Hopkins syndrome, mild intellectual disability, and schizophrenia // The journal of biological chemistry (2021) vol. 297, 6, art. 101381.
https://doi.org/10.1016/j.jbc.2021.101381 - Callens, K., Fontaine, F., Sanz, Y., Bogdanski, A., D‘Hondt, K., Lange, L., Smidt, H., Overbeek, L. van, Kostic, T., Sarand, I. et al. Microbiome-based solutions to address new and existing threats to food security, nutrition, health and agrifood systems' sustainability // Frontiers in Sustainable Food Systems (2022) vol. 6, art. 1047765.
https://doi.org/10.3389/fsufs.2022.1047765 - Luhila, Õ., Paalme, T., Tanilas, K., Sarand, I. Omega-3 fatty acid and B12 vitamin content in Baltic algae // Algal Research (2022) Vol. 67, Art. 102860.
https://doi.org/10.1016/j.algal.2022.102860 - Tähemaa, T., Sarkans, M., Sarand, I., Pohlak, M., Niidas, A., Saarna, M. The effect of UV-C radiation on the durability of 3D printed plastic parts in disinfectant devices // IOP conference series : materials science and engineering (2021) Vol. 1140, art. 012046, 6 p. : ill.
https://doi.org/10.1088/1757-899X/1140/1/012046 - Alonso, F., Spuul, P., Kramer, I., Genot, E. Variations sur le thème des podosomes, une affaire de contexte // M/S : médecine sciences (2018) vol. 34, 12, p. 1063 - 1070 : ill.
https://doi.org/10.1051/medsci/2018296 - Chi, P-Y., Spuul, P., Tseng, F-G. et al. Cell Migration in Microfluidic Devices : Invadosomes Formation in Confined Environments // Cell migrations : causes and functions. Cham : Springer Nature, 2019. p. 79-103. (Advances in experimental medicine and biology ; 1146).
https://doi.org/10.1007/978-3-030-17593-1_6 - Alonso, F., Spuul, P., Decossas, M. et al. Regulation of podosome formation in aortic endothelial cells vessels by physiological extracellular cues // European journal of cell biology (2020) vol. 99, 4, art. 151084, 13 p. : ill.
https://doi.org/10.1016/j.ejcb.2020.151084 - Georgess, D., Spuul, P., Le Clainche, C. et al. Anti-osteoclastic effects of C-glucosidic ellagitannins mediated by actin perturbation // European journal of cell biology (2018) vol. 97, 8, p. 533–545 : ill.
https://doi.org/10.1016/j.ejcb.2018.09.003 - Berg, G., Rybakova, D., Fischer, D., Sarand, I. et al. Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges // Microbiome (2020) vol. 8, 1, art. 103, 22 p. : ill.
https://doi.org/10.1186/s40168-020-00875-0 - Alonso, F., Spuul, P., Daubon, T. et al. Variations on the theme of podosomes : A matter of context // Biochimica et biophysica acta : molecular cell research (2019) vol. 1866, 4, p. 545-553 : ill.
https://doi.org/10.1016/j.bbamcr.2018.12.009 - Berg, G., Rybakova, D., Fischer, D., Cernava, T., Vergès, M.-C. C., Charles, T.C., Chen, X., Cocolin, L., Eversole, K., Sarand, I. et al. Erratum: Microbiome definition re-visited: old concepts and new challenges (Microbiome (2020) 8 (103) DOI: 10.1186/s40168-020-00875-0) // Microbiome (2020) vol. 8, 1, art. 119, 1 p..
https://doi.org/10.1186/s40168-020-00905-x - Sessitsch, A., Wakelin, S., Schloter, M., Maguin, E., Cernava, T., Champomier-Verges, M-C., Charles, T. C., Cotter, P. D., Ferrocino, I., Kriaa, A., Lebre, P., Cowan, D., Lange, L., Kiran, S., Markiewicz, L., Meisner, A., Olivares, M., Sarand, I., Schelkle, B., Selvin, J., Smidt, H., van Overbeek, L., Berg, G., Cocolin, L., Sanz, Y., Fernandes, W. L., Liu, S. J., Ryan, M., Singh, B., Kostic, T. Microbiome interconnectedness throughout environments with major consequences for healthy people and a healthy planet // Microbiology and molecular biology reviews (2023) vol. 87, 3
https://doi.org/10.1128/mmbr.00212-22 - Sarand, I., Traksmaa, A., Klava, D., Kunkulberga, D., Straumite, E., Galoburda, R., Murniece, R., Juodeikiene, G., Bartkevics, V., Bartkiene, E. Traditional breads from the Baltic Countries (Estonia, Latvia, Lithuania) // Traditional European breads : An illustrative compendium of ancestral knowledge and cultural heritage. Cham : Springer Nature, 2023. p. 41–59.
https://doi.org/10.1007/978-3-031-23352-4_2